לטיפול במחלות חניכיים ישנן מספר מטרות: ראשית, סילוק החיידקים על מנת למנוע את התקדמות המחלה. שנית, לנסות ולעודד בניית רקמות תומכות סביב השיניים שנהרסו כתוצאה מהמחלה. המטרה הסופית הינה למנוע את חזרת המחלה, וזאת באמצעות פגישות תחזוקה אצל שיננית וביקורות סדירות אצל רופא החניכיים.

הטיפול במחלת חניכיים הינו רב שלבי:

מטרתו לסלק את החיידקים שהינם הגורם האטיולוגי הראשוני למחלה וכן את גורמי הסיכון המקומיים המשניים, וזאת בכדי למנוע את התקדמות המחלה. שלב זה נקרא הכנה ראשונית במסגרתו המטופל עובר סילוק אבנית והקצעת שורשים, ובמקביל מבוצעים לפי הצורך על ידי רופא השיניים המפנה טיפולים כגון: שחזורים, עקירות, טיפולי שורש, מבנים עד שלב כתרים זמניים, ליטוש שחזורים ועוד. בסיום שלב זה מבוצעת הערכה מחודשת ובדיקה יסודית על מנת לבדוק האם נעצרה התקדמות המחלה וכיצד המטופל שומר על היגיינת הפה.

במקרים של הרס עצם לסת מתקדם, נועד לעודד בניית רקמות תמיכה חדשות סביב השיניים במקום אלו שאבדו בשל המחלה, וזאת באמצעות ניתוחי חניכיים.

במסגרתו ניתנת תכנית מניעת חזרת המחלה באמצעות פגישות סדירות אצל שיננית ובדיקות תקופתיות אצל רופא החניכיים.

חשוב לציין שעד שלא הושגה יציבות ובריאות של החניכיים, לא ניתן לבצע שתלים היות וקיים סיכון גבוה שהם יכשלו על רקע המחלה הזיהומית הקיימת בחניכיים.